Tugas Ku: Ulasan Website Bioinformatika (NCBI and EBI)

hai-hai aktivitas perkuliahan udah mulai lagi nih, udah banyak tugas-tugas... itu berarti waktunya blogging lagi (tehehehe). Ini dia salah satu tugas Silver di semester 5. Mata kuliah ini merupakan mata kuliah yang kudu Silver perhatiin, karena mata kuliah ini lah yang bakal jadi skripsi Silver. Tapi sebenernya Silver belum mudeng banget tentang BIOINFORMATIKA... but but but Silver persembahkan tugas ini.... selamat menikmati...

BIOINFORMATIKA

 

              Nama          : Diana Putri Hapsari

              NIM            : M0410018

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2012

Sebenarnya dari dua website yang diakses yaitu, NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) dan EBI (http://www.ebi.ac.uk/) banyak sekali yang didapatkan hanya dengan membuka kedua website tersebut dalam hal bioinformatika. Dari NCBI (National Center for Biotechnology Information) dari database dan software pengolah data. Data-data yang dapat diperoleh antara lain, data mengenai DNA & RNA, gen, ekspresi gen, obat-obatan, literatur, taksonomi, dan lain sebagainya. Software yang dapat didownload dari NCBI antara lain, BLAST, Cn3D, COBALT dan lain sebagainya. Salah satu artikel maupun bacaan yang terdapat di dalam NCBI antara lain ‘Sequin’. Sequin merupakan software yang dikembangkan sendiri oleh NCBI untuk mengirimkan dan memperbarui entri ke urutan database GenBank. Sequin dapat menangani pengiriman sederhana yang mengandung urutan mRNA tunggal pendek, dan pengiriman kompleks yang mengandung sekuens panjang, studi populasi, multiple annotation, gapped sekuens, atau filogenetik. Sebuah file sequin tunggal harus mengandung kurang dari 10.000 urutan untuk kinerja yang maksimum. Pengiriman yang lebih besar lagi harus menggunakan tbl2asn. Sequin 12.21 dapat didownload di NCBI. Cn3D merupakan aplikasi penolong untuk web browser yang dapat memperlihatkan struktur 3 dimensi dari database struktur NCBI Enterz. Cn3D secara bersamaan mampu menampilkan struktur, urutan dan keselarasan, sekarang memiliki penjelasan yang kuat serta fitur pengeditan keselarasan.

            Sedangkan dari website EBI (European Bioinformatics Institute) terdapat kelompok peneliti dengan area research-nya sendiri – sendiri, misalnya dengan ketua tim Ewan Birney dengan wilayah penilitian berupa metode alogaritma untuk analisis genom (Algorithmic methods for genome analysis). Namun sebenarnya hal-hal yang ada pada EBI hampir sama dengan bahasan pada NCBI. Terdapat literatur, taksonomi, ekpresi gen. Yang dapat didownload dari EBI antara lain software dan database. GOA  menyediakan tugas protein dalam UniProtKB/ Swiss-Prot, UniProtKB/ TrEMBL dan IPI ke sumber daya gen ontologi. Tujuan dari konsorsium GO adalah untuk menghasilkan kosakata terkontrol yang dinamis sehingga dapat diterapkan pada semua organisme. ArrayExpress adalah repositori umum untuk data microarray yang bertujuan untuk menyimpan data dengan baik dijelaskan sesuai dengan rekomendasi MGED. PICR (Protein Identifier Cross-Reference Service) merupakan sebuah aplikasi web yang menyediakan interaktif dan program (SOAP dan REST) akses ke alogaritma pemetaan berdasarkan identitas urutan 100% protein lebih dari 98 database sumber yang berbeda. Pemetaan dapat dibatasi oleh sumber database, taksonomi ID dan status aktivitas di sumber database. Pengguna dapat menyalin atau mengunggah file yang mengandung pengidentifikasi protein atau urutan dalam format FASTA untuk mendapatkan pemetaan yang menggunakan antarmuka interaktif. Hasil pencarian dapat dilihat dalam tabel HTML sederhana/ rinci atau download sebagai comma-separated values (CSV) atau Microsoft Excel (XLS). Atau antarmuka SOAP tersedia untuk mengintegrasikan fungsi PICR dalam aplikasi lain, seperti lightweight REST interface.