Bioinformatika, 10 Oktober 2012
Sequence Similarity Searching (Persamaan sekuen dengan pencari)
compare sequence; untuk mengidentifikasi sekuen yang kita temukan di lab eksperimen, membandingkan dengan gen yg baru dengan yang sudah diketahui, untuk membandingkan gen pada spesies yang berbeda (terkait dengan evolusi), mendapatkan satu genom secara utuh lalu dipetakan isi genome tersebut.
Untuk membandingkan dpat digunakan database yang utk publik. Prinsipnya alignment secara berpasangan. Alignment (kode jajaran).
similaritas tdk sama dengan homologi. terdapat nilai similaritas yang dianggap sebagai homologi.
untuk mencari similaritas di database:
-FASTA di web
-BLAST (Basic Local Alignment Search Tool): membandingkan sekuen yang dimasukkan pada GenBank, atau dapat membandingkan data protein ke sekuen DNA
BLAST kadang servernya sibuk jadi lambat.
mencari dengan protein vs sekuen DNA.
macam BLAST:
-BLASTN: Cari database nukleotida menggunakan query nukleotida
-BLASTP: Cari protein database menggunakan query protein
-BLASTX: Cari protein database menggunakan query nukleotida diterjemahkan
-TBLASTN: Mencari database nukleotida diterjemahkan menggunakan query protein
-TBLASTX: Mencari database nukleotida diterjemahkan menggunakan query nukleotida diterjemahkan
BLAST harus diolah lagi.
Interpretasi output:
semakin panjang semakin baik (data sekuennya)
nilai penting: untuk ahli Biologi> harus diinterpretasi ulang.
Ukuruan penting: jika sekuen pendek, maka tidak akan mendpatkan nilai E yang bagus
multiple alignment: untuk memprediksi struktur sekunder, membandingkan lebih dari satu sekuen. awalnya dibandingkan satu2 dan kemudian dibandingkan serta diolah oleh komputer.
Jangan menggunkan sekuen yang mirip, karena jika dibuat pohon pilogenetik maka cabangnya akan menempel.
Software multiple Alignment:
-ClustalW
-MEGA
Cara nge-BLAST:
1. buka NCBI
2. klik BLAST
3. Pilih BLAST yang cocok
4. Pilih database yang cocok
5. Copy paste sekuen bentuk FASTA yang diinginkan
6. klik BLAST
7. muncullah sekuen yang mirip
latihan:
1. Gunakan sekuens hexokinase yang anda dapatkan kemarin (salah satu saja), cari similaritasnya dengan data di database menggunakan program BLASTtn (nukleotida BLAST)
2. Gunakan sekuens hexokinase yang anda dapatkan kemarin (salah satu saja), cari similaritasnya dengan data di datanase menggunakan program BLASTtx
3. Gunakan sekuens hexokinase yang anda dapatkan kemarin (salah satu saja), cari similaritasnya dengan data di datanase menggunakan program BLASTtp (protein BLAST)
4. Gunakan sekuens hexokinase yang anda dapatkan kemarin (salah satu saja), cari similaritasnya dengan data di datanase menggunakan program tBLASTtn Gunakan sekuens hexokinase yang anda dapatkan kemarin (salah satu saja), cari similaritasnya dengan data di datanase menggunakan program BLASTtx
5. Dari hasil BLASTtn (no.1) pilih 5 data dengan similaritas yang beragam, dari yang dekat sampai yang jauh. Masukkan kelima sekuens tersebut dalam program Clustal omega untuk alignment. Simpan hasilnya dalam format file blustal dan pdf.
6. Gunakan file clustal no.5 pada program ClustalW2 untuk mendapatkan pohon filogeniknya
