What's Your Number? Check This Out

Jumat, 28 September 2012

Tugas Ku: Resume About Cloning The First Human

TUGAS BIOETIKA
RESUME ‘CLONING THE FIRST HUMAN’


 


                Nama   : Diana Putri Hapsari
                NIM     : M0410018




JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2012




  



‘Cloning The First Human’
Kloning berasal dari single cell dan single person yang copy-an genetiknya identik. Banyak orang bergagasan dan berdebat tentang kloning. Kloning sangat menolong pasangan suami istri yang tidak dapat memiliki keturunan. Sehingga kloning tersebut dianggap sangat bagus, penemuan yang bagus dan dapat membantu. Namun banyak ilmuwan yang menentang adanya kloning pada manusia. Kemudian kloning dicoba pada hewan. Tahapannya adalah pertama sel telur dari betina, memindahkan nukleus yang terdiri dari DNA sehingga sel telur akan berlubang. Lalu dimasukkan sel yang akan diklon. Sel yang dimasukkan ke dalam sel telur harus mengandung DNA yang selektif. Setelah itu biarkan tumbuh dengan mengunakan kejutan listrik dan bahan kimia. Nantinya embrio akan tumbuh di disk untuk beberapa hari, kemudian di implan ke dalam tubuh betina. Akhirnya anaknya akan lahir dengan normal, namun belum tentu dengan kondisi genetiknya.
Sebagian orang yang kontra terhadap kloning, kloning akan menyebabkan kematian pada manusia. Terdapat kasus seorang anak yang ingin mengkloning ibunya yang telah meninggal bertahun-tahun lalu karena kanker. Sekarang ini telah ada 6 bagian dari ibunya yang dibekukan dan disimpan di laboratorium. Sekitar 13 tahun yang lalu dilakukan kloning pada sel telur katak namun tidak dapat berjalan. Beberapa tahun kemudian manusia membuat antibodi dan obat-obatan dari susu hewan. Pada proses tersebut kemungkinan terjadi kloning. Hewan yang berhasil dalam bidang kloning adalah domba Dolly. Awalnya Dolly dilahirkan secara normal dan sehat, tetapi sepanjang pertumbuhannya ditemukan banyak sekali kelainan yang diderita salah satunya kelainan pada otaknya sehingga membuat Dolly tersebut bodoh. Saat melakukan kloning Dolly, ribuan sel telur yang dikloning namun hanya sekitar 2 sampai 3 saja yang dapat hidup. Setelah itu para ilmuwan melakukan pengamatan pada hewan yang mati secara misterius dari hasil kloning, hasilnya pun mengejutkan yaitu terdapat masalh yang serius pada beberapa organnya dan terdapat perbedaan yang jauh antara hewan normal dengan hewan hasil dari kloning.
Kloning dapat menyebabkan mutasi pada gennya. Proses kloning sangat kompleks saat masa pertumbuhan. Awalnya gen akan dicetak, dan gen akan menghasilkan message untuk memulai pertumbuhan. Kemudian akan berlanjut dalam pembuatan semua bagian yang dibutuhkan. Masalah pembentukannya kompleks sehingga proses tumbuh akan berhenti. Kloning dapat membantu mengkloning hewan-hewan yang sudah langka.
Banyak gen dan DNA sehingga akan terjadi pula kesalahan yang kompleks. Suatu jenis sindrom tertentu mampu menyebabkan pertumbuhan yang salah, ada bagian tubuh yang tumbuh terlalu besar, contoh: lidah dan sel ginjal tumbuh tidak terkendali. Banyak faktor yang menyebabkan perkembangan abnormal. Kemudian, seorang ilmuwan mencoba menerapkan sindrom tersebut ke dalam hewan, alhasil hewan tersebut tumbuh dengan cukup besar dari pada hewan normal. Berawal dari mencampur bahan kimia dengan gen. Butuh beberapa bulan agar hal ini bekerja. Akhirnya ditemukannya masalah yang penting, yaitu salah satu gen tumbuh tanpa kontrol, menemukan adanya signal yang hilang dan ada suatu methyl molekul yang membuat pertumbuhan tetap berjalan. Hal tersebut terjadi karena ada bagian dari DNA yang hilang.
Hasil kloning dipastikan 99% akan tumbuh abnormal, kehilangan banyak gennya. Banyak imuwan di dunia yang menerbitkan penelitiannya yang menjelaskan kloning dari methyl molekul terdapat pada banyak gen. Kloning pada manusia memerlukan usaha yang cukup keras. Pada anak kembar membantu juga dalam konsep dari kloning. Ada anak kembar dengan berbeda jenis kelaminnya, yang biasanya menurut orang lain tidak mirip satu sama lain sehingga terlihat sebagai kakak beradik. Anak kembar tersebut biasanya berasal dari 2 sperma. Salah satu kasus anak kembar beda jenis kelamin adalah saat lahir salah satu lahir dengan sehat namun yang satunya tidak. Awalnya memisah menjadi 2 dengan salah satunya mengandung kromosom Y sehingga menjadi anak laki-laki, selanjutnya bagian yang satunya kekurangan kromosom di sel telurnya dan embrio melakukan pembelahan. Bagian dengan kurangnya kromosom akan menjadi anak perempuan. Biasanya sindrom ini disebut sindrom turner.

Rabu, 26 September 2012

Materi Bioinformatika, Rabu 26 September 2012

Bioinformatika
untuk mengumpulkan data
database untuk menyimpan dan menyebarluaskan data tersebut. banyak jurnal penelitian dan informasi genetik. Dengan adanya teknologi pendapatan data semakin cepat. terdapat penyimpanan data sebelum dianalisis dan dibandingkan data orang lain. Database adalah data yg diorganisasi. Disimpan dalam 2 bentuk: fields of categories dan record. Field= kolom, record= row
Database biologi dapat dibedakan menjadi: data primer (langsung yg didapatkan, cth: sekuen) dan data sekunder (dari bank). Dari data primer dimasukkan menjadi data sekunder. ada adtabase yang terfokus pada suatu hal tertentu. 
format data: harus diseragamkan> berlaku universal, sehingga diperlukan suatu format yang standar.
FASTA format: dapat diterima oleh semua database. dalam hal DNA dan juga protein.
one header line, starts with > with a [return] at end (enter), lalu diasukkan sekuennya.
Multi-sekuen FASTA file: dapat di simpan dalam wordpad atau Ms.word.
Database publik: untuk analisis penelitian. GenBank adalah database. Isinya berupa sekuen DNA dan protein di literatur penelitian atau koleksi di publicly funded research. Accession Number: yang dimasukkan saat pencarian data, lebih mudah dan langsung.


Latihan untuk topik database:

  1. Salah satu protein yang dibutuhkan dalam metabolisme adalah Hexokinase. Apa kerja dari protein ini     dalam metabolisme? Tuliskan dengan rinci!
  2. Dapatkan semua sekuens protein Hexokinase dari yeast.! (simpan dalam format genbank dan Fasta di notepad)
  3. Dapatkan semua sekuens gen penyandi hexokinase dari yeast! (simpan dalam format genbank dan Fasta di notepad)
  4. Carilah sekuens gen penyandi hexokinase dari organisme lain, minimal 2!

Sabtu, 22 September 2012

Tugas Ku: Kewirausahaan Saat Perayaan Wisuda, Merchandise kreatif


Ini dia tugas KWU atau kewirausahaan yang bikin Silver bingung, tapi thanks to mbak-mbak kost yang udah sangat sangat ngebantuin Silver... terutama Mbak Ciprut, hehehhe.... Tugas ini tentang membuat usaha saat ada perayaan wisuda di Universitas Sebelas Maret (tercinta), check this out...

Seperti yang kita ketahui bahwasannya setiap perayaan wisuda, para pelaku usaha di sekitar Universitas Sebelas Maret Surakarta selalu memanfaatkan kesempatan untuk menjajakan dagangannya pada event yang dihadiri oleh ribuan orang tersebut. Di antara kesekian pelaku usaha yang sering membuka usaha dadakan disana belum ada yang berinisiatif untuk menjalankan bisnis kreatif, dalam hal ini menjual merchandise berlogo UNS. Mayoritas hanya menjual aneka kuliner lokal (bakso, soto, es buah, es degan, dll), jasa fotografi, dan bunga untuk para wisudawan wisudawati. Fenomena ini dapat dijadikan sebagai peluang sukses dalam menjalankan bisnis kreatif penjualan merchandise, dimana tidak ada pesaing usaha yang sama. Merchandise berlogo UNS ini dapat berupa boneka wisudawan wisudawati, gantungan kunci, mug, aneka kipas, pin, t-shirt, jam dinding, dan topi. Target yang diincar bukan para wisudawan wisudawati UNS, melainkan para pengantar peserta wisuda dengan jumlah relatif lebih banyak dibanding peserta wisuda yang menunggu di depan ruang Auditorium UNS. Merchandise tersebut dapat dijadikan oleh-oleh yang bisa dijadikan kenangan saat pulang kerumah masing-masing.
Pada pelaksaan usaha penjualan merchandise ini dipilihlah lokasi yang strategis, yaitu di pelataran samping Auditorium UNS, dengan alasan tempat tersebut merupakan akses keluar masuk para perserta dan pengantar wisudawan wisudawati. Pengaturan stand penjualan dilengkapi dengan tenda sebagai pelindung teriknya panas matahari, mengingat acara wisuda baru berakhir jam 1 siang. Selain itu tenda tersebut juga dapat membuat pembeli merasa nyaman untuk berlama-lama memilih pernak-pernik yang tersedia disana tanpa harus merasakan panas. Berbagai merchandise tersebut didesain seunik mungkin dengan berbagai macam pilihan warna yang menarik dan harga terjangkau. Proses desain dan produksi barang dapat dibantu oleh pihak kedua yakni pelaku bisnis advertising yang ada di Kota Solo. Tata letak merchandise di stand penjualan disusun rapi, dengan menyediakan 2 penjaga stand yang ramah saat melayani pembeli.
            

Tugas Ku: Sistem Imun pada Invertebrata


SISTEM IMUN PADA INVERTEBRATA





                Nama     : Diana Putri Hapsari
                NIM       : M0410018
                Matkul   : Immunologi





JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA






    A.   PENDAHULUAN
1.     Latar Belakang Masalah
Invertebrata merupakan makhluk hidup yang tidak memiliki tulang belakang, sehingga secara otomatis invertebrata tidak memiliki limfosit sebagai sistem kekenalan tubuhnya. Berbeda dengan vertebrata yang memiliki sumsum tulang belakang yang dapat membuat sel-sel antibodi untuk mempertahankan tubuh vertebrata dari serangan patogen.
2.     Rumusan Masalah
Bagaimana invertebrata dapat menghalau dan membinasakan patogen walaupun tidak memiliki limfosit seperti vertebrata pada umumnya.
3.     Tujuan Penulisan
Untuk mengetahui sistem imun yang terdapat pada invertebrata.

    B.   PEMBAHASAN
Seperti yang kita tahu sebelumnya bahwa sistem pertahanan tubuh atau imunitas pada vertebrata salah satunya sel darah putih. Namun pada invertebrata tidak memiliki limfosit atau antibodi seperti vertebrata. Sebenarnya sistem imun pada invertebrata merupakan mekanisme pendahulu dari sistem imun vertebrata. Sistem pertahanan tubuh invertebrata yang berperan adalah mekanisme pertahanan tubuh oleh haemosit. Di mana penyebaran dan peningkatan jumlah haemosit diasumsikan sebagai bentuk dari respon imun seluler dari tubuh invertebrata. Untuk melakukan aktivitas fagositosis, enkapsulasi, nodulasi, pengaktifan sistem prophenoloksidase, anti mikroba maupun senyawa toksik, diperlukan pelepasan beberapa protein untuk mengatasi benda asing atau agen yang masuk tersebut.
Haemosit adalah sel darah pada invertebrata (udang) yang fungsinya sama dengan sel darah putih pada vertebrata. Hemosit berperan untuk mensitesis beberapa produk penting, yaitu bahan sklerotisasi, tirosin dan lain-lain. Ada sekitar 9 macam hemosit sesuai penulis atau ahlinya, yaitu:
1.      Sel induk atau pre-hemosit, bergerak aktif namun ada yang diam di tempat. Berbentuk bulat dengan nukleus besar.
2.      Plasmatosit, memiliki ujung seperti jari, berukuran agak besar, sebagai agen kekebalan seluler, dapat bersifat fagositik pada benda asing yang berukuran kecil, namun jika berukuran besar maka akan diselubungi oleh konektiva yang dibentuk oleh plasmatosit. Proses ini disebut dengan enkapsulasi.
3.      Hemosit granuler, banyak dijumpai pada serangga-serangga tua.
4.      Koagulosit, akan dihasilkan pada serangga yang terluka untuk membentuk gel darah. Merupakan bahan sekresi seperti serabut atau fibril.
5.      Adipohemosit adalah untuk menyimpan lemak dalam bahan makan.
6.      Oenositoid dan sel slefura, fungsi belum jelas.
Pattern Recognition Receptor adalah protein untuk mengidentifikasi molekul yang berasosiasi dengan patogen pada semua organisme. Sistem komplemen adalah bagian arus biokimia dari sitem imun yang dapat membantu membarsihkan patogen dari tubuh yang terdapat pada seluruh organisme. Beberapa dari invertebrata, serangga dan kepiting memiliki repon komplemen yang telah termodifikasi, dengan nama sistem Prophenoloksidase. Yang mewakili bentuk dari sistem imun invertebrata adalah peptida antimikrobial. Peptida antimikrobial merupakan komponen yang telah berkembang dan masih bertahan pada respon imun turunan yang ditemukan pada organisme. Pada beberapa jenis serangga memiliki peptida antimikrobial yang dikenal sebagai defensin dan cecropin.         

    C.   PENUTUP
Sistem imun pada invertebrata berbeda dengan sistem imun vertebrata. Pada vertebrata terdapat sel darah putih yang berasal dari sumsum tulang belakang, namun pada invertebrata karena tidak memiliki tulang belakang maka tidak memiliki antibodi berupa sel darah putih. Sistem imun yang invertebrata miliki adalah haemosit yang  menggantikan fungsi dari sel darah putih.

DAFTAR PUSTAKA
http://id.wikipedia.org . [Diakses pada tanggal 16 September 2012]
Mahasri, Gunanti. Survival Rate (SR) Udang Windu (Penaeus monodon Fab) yang Diimunisasi dengan Whole Protein Zoothamnium penaei Asal dari Tambak Di Pantai Utara dan Selatan Jawa Timur Sebagai Agen Penyebab Zoothamniosis. Jurnal Berkala Ilmiah Perikanan, Vol.3 No.2, November 2008.
http://pelangibiologiasdariah.blogspot.com . [Diakses pada tanggal 16 September 2012]



Tugas Ku: Ulasan Website Bioinformatika (NCBI and EBI)


hai-hai aktivitas perkuliahan udah mulai lagi nih, udah banyak tugas-tugas... itu berarti waktunya blogging lagi (tehehehe). Ini dia salah satu tugas Silver di semester 5. Mata kuliah ini merupakan mata kuliah yang kudu Silver perhatiin, karena mata kuliah ini lah yang bakal jadi skripsi Silver. Tapi sebenernya Silver belum mudeng banget tentang BIOINFORMATIKA... but but but Silver persembahkan tugas ini.... selamat menikmati...


BIOINFORMATIKA

 



              Nama          : Diana Putri Hapsari
              NIM            : M0410018



JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2012






Sebenarnya dari dua website yang diakses yaitu, NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) dan EBI (http://www.ebi.ac.uk/) banyak sekali yang didapatkan hanya dengan membuka kedua website tersebut dalam hal bioinformatika. Dari NCBI (National Center for Biotechnology Information) dari database dan software pengolah data. Data-data yang dapat diperoleh antara lain, data mengenai DNA & RNA, gen, ekspresi gen, obat-obatan, literatur, taksonomi, dan lain sebagainya. Software yang dapat didownload dari NCBI antara lain, BLAST, Cn3D, COBALT dan lain sebagainya. Salah satu artikel maupun bacaan yang terdapat di dalam NCBI antara lain ‘Sequin’. Sequin merupakan software yang dikembangkan sendiri oleh NCBI untuk mengirimkan dan memperbarui entri ke urutan database GenBank. Sequin dapat menangani pengiriman sederhana yang mengandung urutan mRNA tunggal pendek, dan pengiriman kompleks yang mengandung sekuens panjang, studi populasi, multiple annotation, gapped sekuens, atau filogenetik. Sebuah file sequin tunggal harus mengandung kurang dari 10.000 urutan untuk kinerja yang maksimum. Pengiriman yang lebih besar lagi harus menggunakan tbl2asn. Sequin 12.21 dapat didownload di NCBI. Cn3D merupakan aplikasi penolong untuk web browser yang dapat memperlihatkan struktur 3 dimensi dari database struktur NCBI Enterz. Cn3D secara bersamaan mampu menampilkan struktur, urutan dan keselarasan, sekarang memiliki penjelasan yang kuat serta fitur pengeditan keselarasan.
            Sedangkan dari website EBI (European Bioinformatics Institute) terdapat kelompok peneliti dengan area research-nya sendiri – sendiri, misalnya dengan ketua tim Ewan Birney dengan wilayah penilitian berupa metode alogaritma untuk analisis genom (Algorithmic methods for genome analysis). Namun sebenarnya hal-hal yang ada pada EBI hampir sama dengan bahasan pada NCBI. Terdapat literatur, taksonomi, ekpresi gen. Yang dapat didownload dari EBI antara lain software dan database. GOA  menyediakan tugas protein dalam UniProtKB/ Swiss-Prot, UniProtKB/ TrEMBL dan IPI ke sumber daya gen ontologi. Tujuan dari konsorsium GO adalah untuk menghasilkan kosakata terkontrol yang dinamis sehingga dapat diterapkan pada semua organisme. ArrayExpress adalah repositori umum untuk data microarray yang bertujuan untuk menyimpan data dengan baik dijelaskan sesuai dengan rekomendasi MGED. PICR (Protein Identifier Cross-Reference Service) merupakan sebuah aplikasi web yang menyediakan interaktif dan program (SOAP dan REST) akses ke alogaritma pemetaan berdasarkan identitas urutan 100% protein lebih dari 98 database sumber yang berbeda. Pemetaan dapat dibatasi oleh sumber database, taksonomi ID dan status aktivitas di sumber database. Pengguna dapat menyalin atau mengunggah file yang mengandung pengidentifikasi protein atau urutan dalam format FASTA untuk mendapatkan pemetaan yang menggunakan antarmuka interaktif. Hasil pencarian dapat dilihat dalam tabel HTML sederhana/ rinci atau download sebagai comma-separated values (CSV) atau Microsoft Excel (XLS). Atau antarmuka SOAP tersedia untuk mengintegrasikan fungsi PICR dalam aplikasi lain, seperti lightweight REST interface.


The Crazy Ideas? Why not?



Hari ini keren banget aku bisa dapet 2 inspirasi sekaligus, and inspirasi itu jarang banget ada di Indonesia. Inspirasi yang pertama itu tentang bisnis SIRUP FRUKTOSA yang bisa dikonsumsi sama orang yang menderita diabetes. Sirup fruktosa itu dibuat dengan bantuan enzim Glucose Isomerase. Ide ini tadi muncul pas aku lagi bener-bener dengerin mata kuliah Enzimologi.

Sedangkan inspirasi yang kedua itu tentang bisnis pembuatan wirausaha makanan dengan cara penjualan FOOD TRUCK seperti di Amerika (gara-gara lihat barita FOOD TRUCK MAFIA). Tapi masih bingung enaknya jualan apa di food truck itu. Awalnya kepikiran mau jualan sate, soalnya bisar sate sedikit dipandang makanan yang packed-ing nya good looking gitu. Tapi pas aku nulis ini, aku langsung kepikiran buat food truck bakso punya bapak ku aja... hmmm, kasian kan kalo kudu pake gerobak terus. Tapi berapa harga dari truck yang kaya di Amerika?? Setidaknya truck bekas juga ngga apa-apa penting masih layak jalan... hehehe